Daniel Frei hat erst Französisch, Englisch und Deutsch studiert. Anschliessend studierte er evangelische Theologie an der Universität Zürich und arbeitete anschliessend als Pastor und Lehrer in Winterthur. 2001 bis 2007 arbeitete er als Dozent für Praktische Theologie an der theologischen Hochschule Comunidad Teológica Evangélica in Concepción, in der Achten Region in Chile. Da die Mehrheit der Studierenden aus Pfingstkirchen stammte, wurde er zunehmend mit der pfingstlerischen Frömmigkeit und dem Gemeindeleben vertraut.

Aus dieser Erfahrung entstand die Disseration mit der Betreung durch Prof. Christine Lienemann, Universität Basel. Daniel Frei "Die Pädagogik der Bekehrung. Sozialisation in chilenischen Pfingstkirchen." 2011 LIT Verlag.

Seit 2007 leitet Daniel Frei das Pfarramt für weltweite Kirche in Basel-Landschaft und Basel-Stadt mit den Schwerpunkten Ökumene, Mission, Entwicklungszusammenarbeit und Migrationskirchen.

Seine Forschungsschwerpunkte sind die globale und spezielle die lateinamerikanische Pfingstbewegung und Migrationskirchen in der Schweiz.